傳統的染色質免疫共沉淀測序（ChIP-seq）方法，在抗體質量很好的情況下能夠有效檢測到轉錄因子結合位點（TFBS）。然而，許多非模式生物物種的轉錄因子缺乏現成可用的特異性抗體，這限制了ChIP-seq更廣泛的應用。
2016年，O'Malley RC等人在Cell上發表了使用DNA親和純化測序（DNA Affinity Purification sequencing, DAP-seq）技術，快速繪制轉錄因子調控靶向DNA區域的順反組和表觀組圖譜的文章，在該文中鑒定了擬南芥中529種轉錄因子的結合位點，并揭示了甲基化狀態影響轉錄因子的結合模式。2017年，Bartlett A等人在Nature Protocols上發表了詳細的DAP-seq實驗方法。
參考文獻：
O'Malley RC, et al. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape. Cell. 2016. 165(5):1280-1292.
Bartlett A, et al. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq. Nat Protoc. 2017. (8):1659-1672.
DAP-seq技術的出現，使TFBS的研究不再局限于任何生物，不再受抗體質量的限制，為生命科學領域轉錄因子的研究提供了新型高效的工具。
DAP-seq和ChIP-seq的區別：
| 技術名稱 | DAP-seq | ChIP-seq |
| 實驗模式 | 體外蛋白-DNA互作 | 體內蛋白-DNA互作 |
| 是否需要特異性抗體 | 否 | 是 |
| 是否適用于非模式物種 | 是 | 否 |
| 時間成本 | 低 | 高 |
| 是否高通量 | 是 | 否 |
DAP-seq實驗流程：
DAP-seq技術流程圖
【動畫視頻】DNA親和純化測序（DAP-seq）技術流程
高通量檢測轉錄因子或DNA結合蛋白在基因組上的結合位點；
可用于模式物種和非模式物種的研究，無需特異性抗體；
100+ 物種，1000+ 轉錄因子的實驗經驗；
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植物類：擬南芥、莖瘤芥、甘藍型油菜、白菜型油菜、不結球白菜、菜心、小麥、大麥、花生、辣椒、番茄、草莓、黃花棘豆、苦蕎、紅薯、木薯、馬鈴薯、普通煙草、人參、鴨茅、甘蔗、短芒大麥草、二色補血草、百脈根、芍藥、丹參、狗尾草、菠菜、玉米、大豆、高粱、藜麥、陸地棉、甜瓜、黃瓜、葡萄、灰氈毛忍冬、粉葛、三葉青、獼猴桃、香蕉、蒺藜苜蓿、紫花苜蓿、伴礦景天、苔蘚、地錢、毛果楊、717楊、84K楊、小黑楊、胡楊、山新楊、小葉楊、歐美楊、大青楊、毛白楊、剛毛檉柳、白樺、光皮樺、油松、毛竹、麻竹、銀杏、油桐、荔枝、柑橘、甜橙、歐洲云杉、核桃、柿子、閩楠、木荷、臍橙、板栗、棗、枳、杜梨、蘋果、桃、櫻桃、麻瘋樹、茶樹、梅、月季、海島棉、白木香、橡膠樹、三角褐指藻、芥藍、藍花耬斗菜、鹽芥、無花果、菠蘿、西瓜、甘薯、竹葉花椒、玫瑰。
動物類：驢、飛蝗、新孢子蟲、煙粉虱、草地貪夜蛾。
真菌類：擬輪枝鐮孢菌、豬苓真菌、意大利青霉、草酸青霉、腐霉、金黃殼囊孢、靈芝、糙皮側耳、草菇、灰蓋鬼傘、蟲草、亞洲鐮刀菌、蝗綠僵菌。
細菌類：路德維希腸桿菌、嗜熱厭氧桿菌、生氮假單胞菌、伯克赫爾德氏菌、布魯氏菌、肺炎克雷伯菌。
2023年6月16日，濟南大學生物科技與技術學院李慧教授團隊的研究成果，發表在植物學領域的TOP期刊Plant, Cell & Environment（IF=7.947），文章題目為“ZmEREB57 regulates OPDA synthesis and enhances salt stress tolerance through two distinct signalling pathways in Zea mays"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了玉米中一個AP2/ERF轉錄因子的結合基序以及靶基因。揭示了ZmEREB57通過兩個不同的信號途徑調控玉米OPDA合成增強耐鹽性的分子機制，為耐鹽性植物新品種的培育提供了重要的遺傳資源。
2023年5月29日，北京林業大學生物學院林木分子育種團隊的研究成果，發表在期刊Plant Physiology（IF=8.005），文章題目為“Allelic variation in transcription factor PtoWRKY68 contributes to drought tolerance in Populus"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq) 技術鑒定了毛白楊轉錄因子PtoWRKY68的結合基序以及靶基因。揭示了PtoWRKY68基因等位變異通過調控ABA信號通路響應干旱脅迫的分子機制，為利用分子育種策略開發耐旱樹木新品種奠定了遺傳基礎。
2023年4月13日，西北農林科技大學園藝學院王西平教授課題組在Horticulture Research期刊(IF=7.291)在線發表了題為“Control of ovule development in Vitis vinifera by VvMADS28 and interacting genes" 的研究論文。DAP-seq助力該研究揭示了葡萄MADS-box基因對胚珠發育的調控機制。
2023年4月6日，中國中醫科學院中藥資源中心黃璐琦院士/袁媛研究員課題組的研究成果，發表在Frontiers in Microbiology期刊上(IF=6.064)，文章題目為“PuCRZ1, an C2H2 transcription factor from Polyporus umbellatus, positively regulates mycelium response to osmotic stress"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了豬苓中一個C2H2轉錄因子的結合基序及其靶基因，揭示了PuCRZ1參與調控豬苓菌絲生長以及滲透脅迫耐受的分子機制。
2023年3月，華中農業大學端木德強團隊在New Phytologist期刊（IF=10.323）在線發表了題為“A transcription factor of the NAC family regulates nitrate-induced legume nodule senescence"的研究論文。該研究揭示了豆科植物百脈根中一個NAC轉錄因子在硝酸鹽誘導的根瘤衰老過程中發揮了關鍵的調控作用。
2023年2月9日，浙江大學農業與生物技術學院的研究成果，發表在Molecular Plant期刊上(IF=21.949)，文章題目為“Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了比克氏棉子葉GoPGF的結合基序和下游靶基因。并進一步揭示了比克氏棉色素腺形態建成的調控網絡，為培育具有特定性狀的栽培棉花新品種提供了寶貴的基因資源。
2023年1月31日，西北農林科技大學園藝學院蘋果重點實驗室的研究成果，發表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005)，文章題目為“MdERF114 enhances the resistance of apple roots to Fusarium solani by regulating the transcription of MdPRX63"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了蘋果MdERF114的結合基序和靶基因。進一步研究揭示了MdERF114正向調控蘋果根系抵御腐皮鐮刀菌侵染的分子機制，為培育抗ADR的砧木提供了寶貴的基因資源。
2023年01月03日，中南林業科技大學的研究成果，發表在Communications Biology期刊上(IF=6.548)，文章題目為“The bHLH-zip transcription factor SREBP regulates triterpenoid and lipid metabolisms in the medicinal fungus Ganoderma lingzhi"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了藥用真菌靈芝中bHLH-zip轉錄因子SREBP的結合基序和靶基因。進一步研究揭示了SREBP調控靈芝中三萜類化合物和脂質代謝的分子機制，為提高靈芝物種的GA產量提供了寶貴的基因資源。
2022年12月21日，中國農業科學院棉花研究所的研究成果發表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005)，文章題目為“A brassinosteroid transcriptional regulatory network participates in regulating fiber elongation in cotton"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了陸地棉中BR信號通路核心轉錄因子GhBES1.4的結合基序和靶基因。揭示了GhBES1.4介導的BR調控棉纖維伸長的網絡，為培育陸地棉優質纖維新品種提供了寶貴的基因資源。
2022年10月，浙江大學農業與生物技術學院宋鳳鳴課題組的研究成果，發表在期刊Journal of Integrative Plant Biology（IF=9.106）上，文章題目為“The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq) 技術鑒定了水稻中轉錄因子ONAC083的結合基序和靶基因。進一步研究揭示了OsNAC083通過結合ACGCAA元件影響OsRFPH2-6轉錄，進而負調控水稻對稻瘟病的抗性。
2022年9月，中國熱帶農業科學院熱帶生物技術研究所功能基因研究組在雜志Plant Biotechnology Journal（IF=13.263）在線發表了題為 “A CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz)" 的研究論文，證實了CC類谷氧還蛋白MeGRXC3可以在轉錄和轉錄后水平調控過氧化氫酶的活性、影響過氧化氫在葉片表皮不同類型細胞中的分布，從而調控木薯對干旱脅迫的響應。
2022年8月，廣西大學農學院甘蔗生物學重點實驗室/亞熱帶農業生物資源保護與利用國家重點實驗室張木清/姚偉研究團隊在Journal of Experimental Botany（IF=7.298）在線發表了題為“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling"的研究論文，該研究發現了一個甘蔗新的AP2家族轉錄因子ScAIL1，通過靶向DELLA調節JA與GA合成，平衡植物生長與防御。
2022年8月，安徽農業大學、中國水稻研究所和上海市農業科學院作物育種栽培研究所在The Plant Journal（IF=5.726）期刊聯合發表了題為“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice"的文章，揭示了水稻OsSGT1和ABI5相互作用，調控OsAPX1的表達，促進褪黑素改善種子在鉻污染條件下萌發的分子機制。
2022年8月，揚州大學生物科學與技術學院、植物功能基因組學教育部重點實驗室高勇課題組在The Plant Cell（IF=12.085）上在線發表了題為“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid"的研究論文，該研究使用DAP-seq技術發現水稻OsPIL15轉錄因子靶向OsABI5，進一步研究表明，OsPIL15與OsHHO3相互作用促進OsABI5的轉錄，揭示了PIFs在紅光介導的氣孔開放中發揮作用的分子機制，證明了PIFs通過協調紅光和ABA信號傳導來調節氣孔運動。
2022年7月，北京市農林科學院玉米DNA指紋及分子育種北京市重點實驗室、齊魯師范大學玉米分子育種研究院的共同研究成果，在國際學術期刊Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上發表，題目為“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles"。本文主要研究內容是鑒定了玉米花青素合成相關等位基因ZmR1CQ01，并揭示了3個ZmR1等位基因的生物學功能和分子調控機制。
2022年5月，中科院植物所王雷研究組在Plant Physiology（IF=8.005）期刊上發表了題為“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance"的研究成果。該研究揭示了OsCCA1調控水稻適應鹽脅迫、干旱脅迫以及滲透脅迫的分子機制。其中，該研究使用了DNA親和純化測序技術（DAP-seq，DNA Affinity Purification Sequencing），鑒定了水稻生物鐘核心組分OsCCA1（Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1）調控的下游靶基因。
2022年2月，北京林業大學生物科學與技術學院林木育種國家工程實驗室的研究成果，發表在Frontiers in Plant Science期刊上(IF=6.627)，文章題目為“Genome-Wide Identification of Direct Targets of ZjVND7 Reveals the Putative Roles of Whole-Genome Duplication in Sour Jujube in Regulating Xylem Vessel Differentiation and Drought Tolerance"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術分別鑒定了二倍體酸棗和同源四倍體酸棗中ZjVND7的結合基序和靶基因。揭示了ZjVND7在調節木質部導管分化和耐旱性中的潛在分子機制，為培育耐旱性植物提供了新的思路。
2021年4月29日，重慶文理學院園林與生命科學學院陳澤雄教授的研究成果，發表在植物科學領域的學術期刊Plant Science（IF=5.363）上，文章題目為“A R2R3-MYB transcriptional activator LmMYB15 regulates chlorogenic acid biosynthesis and phenylpropanoid metabolism in Lonicera macranthoides"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq) 技術鑒定了金銀花R2R3-MYB轉錄因子LmMYB15的DNA結合基序及其靶基因。進一步研究揭示了LmMYB15調控金銀花CGA生物合成和苯丙素代謝的分子機制，該研究成果為利用基因工程策略開發富含CGA的金銀花新品種提供了寶貴的基因資源。
2019年9月，北京林業大學和藍景科信合作，在植物學主流學術期刊Journal of Experimental Botany（IF=5.36）上，發表了題為“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance"的研究成果。該研究借助DNA親和純化測序（DNA Affinity Purification Sequencing，DAP-seq）技術，深入揭示了胡楊耐鹽的分子機制。
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